索引和参考文献不是编译一次就能完成的。首先 LaTeX 写出原始材料（\index 条目写入 .idx，\cite 键写入 .aux）；然后由另一个程序排序并格式化；最后再次运行 LaTeX，把结果纳入正文。本页介绍这些幕后助手：处理索引的 makeindex / mendex / upmendex，以及处理文献的 bibtex / pbibtex / upbibtex / biber。
索引和文献由单独程序处理
在正文中写 \index{...} 或 \cite{...}，并不会让 LaTeX 自己排序。第一次编译会输出原始数据（.idx、.aux）；随后运行索引或文献程序，生成格式化后的文件（.ind、.bbl）；再重新编译一次把它读入。这是一个多阶段流程。手动管理顺序和编译次数很麻烦，因此实际工作中通常交给 latexmk 之类的构建工具。
makeindex / mendex / upmendex — 生成索引
makeindex 是基础工具。它读取 \index 写出的 .idx，排序后生成 .ind。输出格式可用 -s style.ist 控制。不过它的内部处理以单字节为单位，因此无法按正确的日文读音顺序排序。
mendex 是支持日文的版本，会按汉字的读音（yomi）排序。用 reading@term 语法给出读音后，它会按该假名的日文顺序排列。upmendex 是其 Unicode/多语言后继版：内部采用 Unicode，并使用 ICU（Unicode Collation Algorithm） 对日文、拉丁文、希腊文、西里尔文等排序。它向上兼容 makeindex/mendex 的样式，是现代 upLaTeX 或 LuaLaTeX-ja 索引的标准选择。
makeindex document.idx # → document.ind
upmendex -s mystyle.ist document.idx # 多言語・スタイル指定 / multilingual, with a style最小索引会在导言区加载 makeidx、声明 \makeindex，在正文中放置 \index{...}，并在索引应出现的位置调用 \printindex。关键点是，\index 并不会在页面上打印可见文字；它会为索引处理器写出材料。当排序键和显示文本需要不同的时候，使用 sort-key@printed-term，例如 latex@LaTeX。
\documentclass{jsarticle}
\usepackage{makeidx}
\makeindex
\begin{document}
LaTeX\index{らてふ@LaTeX} で索引を作ります。
\printindex
\end{document}bibtex / pbibtex / upbibtex / biber — 生成参考文献
bibtex（Oren Patashnik，1985 年）是经典文献工具。它把 .aux 中的 \cite 键与 .bib 数据库匹配，并按 .bst 样式生成 .bbl。处理日文字段和日文排序时，使用 pbibtex（pTeX 系）或支持 Unicode 的 upbibtex（upTeX 系）。
biber 是现代 biblatex 的后端。它用 Perl 编写，提供完整的 Unicode 支持、基于 Unicode Collation Algorithm 的排序、强大的交叉引用、数据模型验证，以及传统 BibTeX 之外的其他功能。如果文档使用 biblatex，首先应假定使用 biber。bibtex 和 biber 共有的 -min-crossrefs=N（默认 2） 设置 crossref 的阈值：某条目被至少 N 个其他条目引用时，会作为独立参考文献条目出现；否则其字段会并入引用它的条目。
bibtex document # 拡張子なし。document.aux を読む / no extension; reads document.aux
biber document # biblatex を使う場合 / when the document uses biblatex经验规则：传统的 \bibliography + .bst 使用 bibtex（日文使用 up/pbibtex）。如果需要多语言和完整功能，并使用 biblatex，就使用 biber。当研究室或期刊模板指定 .bst 时，不要强行迁移，而应遵循该模板的方式。对于可自行选择引用栈的新项目，biblatex + biber 在 Unicode 和细粒度控制方面更强。
在 BibTeX 系列中，.bst 文件控制输出样式，因此期刊或研究室指定 jplain、plainnat 或其他样式时，就按它来。使用 biblatex 时，由 LaTeX 侧的选项选择样式，底层数据处理交给 biber。无论哪条路线，正文中的引用键必须与 .bib 中的键一致，否则即使能生成 .bbl，引用也无法解析。先做一个只含一条文献的最小例子并让它通过，再迁移完整参考文献，可以把失败范围缩小。
流程失败时，先问“LaTeX 是否写出了原始材料”：索引看 .idx，biblatex 文献看 .aux 和 .bcf。接着阅读 makeindex、upmendex、bibtex 或 biber 的日志。最后再次运行 LaTeX，确认生成的 .ind 或 .bbl 是否真的被纳入正文。按这个顺序调试，可以快速缩小故障范围。
按顺序运行
典型顺序是“编译 → 文献/索引 → 编译 → 编译”。例如 upLaTeX 如下所示。不过，与其手动输入，不如交给 latexmk 等工具自动判断所需顺序和次数，这样最稳妥。
uplatex document # .aux / .idx を生成
upbibtex document # 文献を整形 (.bbl)
upmendex document # 索引を整形 (.ind)
uplatex document # 取り込み（番号確定のためもう一度流すことも）
uplatex document