つまずきやすい 4 つの問題への手早い答えです。それぞれ詳しいページにリンクしています。
日本語が出ない・文字化けする
ほぼ エンジンか文字コードの取り違え です。pdflatex ではなく、日本語向けの構成を使います——uplatex（＋ js／jlreq クラス）→ dvipdfmx、または lualatex ＋ luatexja。ソースは UTF-8 で保存し、和文フォントを設定しているか確認（dvipdfmx は kanji-config-updmap、LuaLaTeX-ja は \setmainjfont）。（→「日本語組版の方法」「文字コードと改行」）
フォントが埋め込まれない
学会・PDF/A・印刷では埋め込みが必須です。pdflatex／lualatex は既定で埋め込みますが、確認は pdffonts file.pdf（各フォントが "emb"／サブセットになっているか）。埋め込まれていなければ、たいていビットマップ（Type3）や基本フォントなので、ちゃんとした Type1／OpenType フォントに替えます。確実な準拠には pdfx（PDF/A）。日本語は dvipdfmx で kanji-config-updmap により埋め込みフォントを指定。（→「PDF/A・アクセシビリティ」）
pdffonts document.pdf # 各フォントの埋め込み状況を確認 / check which fonts are embedded参照が ?? のまま
もう一度コンパイルしてください——\ref は前回の .aux を読むため、解決には 2 回かかります（latexmk が自動でやってくれます）。それでも ?? なら、\label の欠落・綴り違い。文献は bibtex／biber を実行します。（→「未定義の参照・ラベル重複」）
画像が出ない
出力経路に合った形式かを確認します——pdflatex は PDF／PNG／JPEG（EPS 不可。epstopdf で変換）、DVI 経由の dvipdfmx は EPS も可。ファイルのパスと拡張子、\graphicspath も確認を。さらに、draft モードでは画像が枠に置き換わる ので、最終版では draft を外します。（→「PDF の生成」）