仕上がった PDF は、たどりやすく、自分が何者かを名乗れるべきです——ビューアのサイドバーに出る しおり（アウトライン） と、文書のプロパティに入る メタデータ（タイトル・著者・キーワード）。どちらも hyperref が用意し、しおりは bookmark パッケージでさらに堅牢にできます。
しおり — hyperref が自動生成
hyperref を読み込むだけで、\section や \chapter などの見出しから PDF のアウトライン（しおり） が自動的に作られます（ビューアのサイドバーに出る、たどれる階層。情報は jobname.out に書かれます）。主なオプション：bookmarks（既定でオン）、bookmarksopen（開いた状態で表示）、bookmarksopenlevel=N（どの深さまで開くか）、bookmarksnumbered（節番号も含める）。
\usepackage[bookmarksnumbered,bookmarksopen]{hyperref}
% あとから設定しても可 / or configure later:
\hypersetup{bookmarksopenlevel=1}手動でしおりを足す — \pdfbookmark
見出しに紐づかない項目（表紙、番号なしの序文など）には、\pdfbookmark[レベル]{表示テキスト}{アンカー名} で手動のしおりを足せます。現在のレベルに追加するなら \currentpdfbookmark{表示テキスト}{アンカー名}。
\pdfbookmark[section]{はじめに}{intro}bookmark パッケージで強化
bookmark パッケージ（Heiko Oberdiek）は、hyperref のしおり機構を より堅牢なものに置き換え ます（hyperref 側のしおりは自動で無効化されます）。コンパイル回数が少なくて済み、装飾——太字・斜体・色——を項目ごとに付けられます。hyperref の 後に 読み込みます。しおりを重視するなら導入する価値があります。
\usepackage{hyperref}
\usepackage{bookmark} % hyperref の後に / after hyperref
\bookmarksetup{numbered, color=blue}PDF メタデータ
文書のプロパティ（ビューアの「文書のプロパティ」に表示される情報）は、\hypersetup{} で設定します——pdftitle・pdfauthor・pdfsubject・pdfkeywords。pdfcreator／pdfproducer は作成ソフトを示す項目で、通常は「LaTeX with hyperref」などが自動で入ります。適切なメタデータは、検索・引用・アクセシビリティに役立ちます。
\hypersetup{
pdftitle={論文のタイトル},
pdfauthor={山田 太郎},
pdfsubject={研究分野},
pdfkeywords={LaTeX, 組版, PDF}
}